U okviru razdela Raphidophyta se nalazi jedna klasa - Raphidophyceae koja tradicionalno obuhvata samo jedan red - Chattonellales sa tri familije. Klasifikacija ovog razdela algi je najproblematičnija u okviru algologije. Iako razdeo obuhvata samo 8 - 18 rodova i 15 - 50 vrsta, jako velike razlike se ispoljavaju u njihovoj klasifikaciji. Postoji ogroman broj sinonima za vrste ovog razdela, što je posledica subjektivnosti algologa koji vrše revizije i uspostavljaju nove sisteme klasifikacije. Familije Chattonellaceae i Vacuolariaceae su filogenetski relativno bliske i čine jednu prirodnu celinu koja se jasno razlikuje od predstavnika familije Thaumatomastigaceae. Zbog toga se u ovom tekstu predlaže klasifikacija ovog razdela na dva reda: Thaumatomastigales i Chattonellales. Prvi red bi obuhvatao samo familiju Thaumatomastigaceae, a drugi dve familije: Chattonellaceae i Vacuolariaceae. U skladu sa ovim stavom će se u daljem tekstu opisati karakteristike ove tri familije. Autor ovog teksta napominje da dole predstavljen sistem, verovatno, ne obuhvata sve vrste, ponajviše zbog njihovog nejasnog položaja i njihove definisanosti, tj. postojanosti taksona. Stoga se u sledećoj šemi klasifikacije navode jasno definisani rodovi.
1. FAMILIJA: THAUMATOMASTIGACEAE. Ova familija je predstavljena algama razela Raphidophyta koji se saprofitno hrane, za razliku od svih ostalih predstavnika razdela. Pojedini sistemi klasifikacije ne uvrštavaju familiju Thaumatomastigaceae u ovaj razdeo. Mnogi ovu grupu protista klasifikuju u praživotinje, odnosno heterotrofne protiste (razdeo Cercozoa), a ne u alge, pa se tako u sistemima klasifikacije koji prihvataju ovo gledište nalaze i pod nazivima Thaumatomastigidae i Thaumatomonadida.
Pored heterotrofne (saprofitske) ishrane, ovu grupu protista karakterišu i druge osobine koje je izdvajaju u zasebnu grupu u odnosu na tipične predstavnike razdela Raphidophyta i koji su grupisani u red Chattonellales. Međutim, postoje i karakteristike koje red Thaumatomastigales dovode u vezu sa gore pomenutim redom. Studije ultrastrukture vrsta familije Thaumastigaceae se više manje ograničava na detalje površine ćelije. Svi predstavnici ovog reda/familije poseduju dva biča. Pojedine vrste obrazuju sincicijum. Dimenzije njihovih ćelija su obično manje nego ćelije tipičnih predstavnika razdela i iznose 15 - 50 μm. Žive slobodno plivajući ili puzeći po dnu vodenog basena. Za unošenje hrane u ćeliju služe im pseudopodije koje mogu da se pojave neposredno pre ovog procesa. Pseudopodije mogu da se pojave samo sa jedne, ventralne, strane ćelije na kojoj se nalazi žljeb koji karakteriše ceo razdeo i koji se često navodi kao glavni razlog za klasifikovanje reda Thaumatomastigales u razdeo Raphidophyta. Sve do sada detaljnije proučene vrste imaju neorganeske pločice i iglice na površini pelikule. Iglice su šuplje i imaju simetričan produžetak (dodatak) u osnovi. Kod vrsta koje su detaljnije ispitane uočeno je da su pločice udružene sa mitohondrijama. Mitohondrije poseduju cevaste kriste, što je jedna od karakteristika koja ovu grupu približava ostalim predstavnicima razdela Raphidophyta. Ispod jedra se nalazi goldžijev aparat koji je slično građen kao i kod vrsta reda Chattonellales, a u blizini se nalaze i koncentrisani ekstruzomi.
Što se filogenetsko-genetičkih osobina ove familije tiče, za sada nema puno informacija, a i ove koje postoje izrazito su različite, a ponekad i protivrečne. Međutim, za sada nema boljeg rešenja za sistematski položaj ove familije, jer se po citološkim osobinama najviše približava razdelu Raphidophyta. Prema nekim klasifikacijama ova familija obuhvata samo jedan rod Thaumatomastix. Međutim, novijim studijama ultrastrukture pojedinih rodova algi je utvrđeno srodstvo roda Thaumatomastix sa još par rodova, pa bi spisak rodova koji su grupisani u ovu familiju izgledao ovako:
- genus: Thaumatomastix
- genus: Gyromitus
- genus: Hyaloselene
- genus: Podomastix
- genus: Protaspis
- genus: Rhizaspis
- genus: Thaumatomonas
- genus: Allas
2. FAMILIJA: CHATTONELLACEAE. Ova familija razdela Raphidiophyta obuhvata vrste koje imaju pretežno zlatno-smeđu boju zbog fukoksantina, koji je inače dominantni pomoćni pigment u ćelijama ovih algi. U okviru familije se nalaze skoro svi marinski fotoautotrofni predstavnici razdela. Što se tiče filogenije ove familije, pojedini autori smatraju da je familija monofilogenetska, dok drugi ističu stav da je polifilogenetska. U okviru nje se izdvaja više rodova između kojih ponekad ne postoje jasne granice, pa je problem klasifikacije u okviru ove familije naročito izražen. Autor ovog teksta se opredelio za uvrštavanje sledećih pet rodova u ovu familiju:
- genus: Chattonella
- genus: Fibrocapsa
- genus: Heterosigma
- genus: Olisthodiscus
- genus: Haramonas
3. FAMILIJA: VACUOLARIACEAE. Ova familija obuhvata predstavnike razdela Raphidophyta koji su zelene boje, jer u njihovim ćelijama preovladava pomoćni pigment vaušeriaksantin. Takođe, ova familija je predstavljena fotoautotrofnim, uglavnom, slatkovodnim vrstama i smatra se da su rodovi u okviru nje filogenetski blisko povezani. Obično se u okviru ove familije izdvajaju tri roda:
- genus: Gonyostomum
- genus: Merotricha
- genus: Vacuolaria
